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1 de septiembre 2002. Gurpegi pasa control antidopaje en el Real Sociedad- Athletic que abre la Liga en Anoeta. Los rojiblancos pierden 4-2 y el navarro marca los dos goles del Athletic.

10 de diciembre 2002. La FEF comunica que en ese control dio positivo por 19- norandrosterona. Trece días después el contraanálisis también da positivo.

11 de febrero de 2003. Sequeira, Vázquez y Zornoza, los tres miembros del Comité de Competición, presentan su dimisión y denuncian “injerencias” en el caso Gurpegi. Se forma un nuevo comité.

27 de febrero de 2003. Sabino Padilla presenta un estudio médico realizado a Gurpegi por la Universidad de Extremadura en el que se concluye que el jugador no se ha dopado y que produce endógenamente la sustancia prohibida.

4 de abril de 2003. El CEDD deja sin efecto la suspensión cautelar de la licencia del futbolista. Esta decisión se produce tres días después de conocerse que el juez instructor del caso había pedido dos años de sanción para el jugador.

6 de abril de 2003. Carlos Gurpegi vuelve a jugar con el Athletic en un partido de Liga ante el Atlético de Madrid, 54 días después de la retirada cautelar de su ficha federativa.

6 de mayo de 2003. El Comité de Competición le castiga con dos años. En junio el CEDD le concede la cautelar y posteriormente la suspende el 3 de noviembre. El caso pasa a la vía ordinaria el 4 de noviembre. El castigo queda en suspenso.

19 de mayo de 2003. El Athletic recurre ante el Comité de Apelación el acuerdo del Comité de Competición de sancionar al centrocampista durante dos años.

12 de junio de 2003. El Comité de Apelación ratificó la sanción, pero, un día después, el CEDD concedió una nueva suspensión cautelar que le permitió jugar hasta final de Liga.

26 de noviembre de 2004. La Audiencia Nacional confirma la sanción de dos años por dopaje contra Gurpegi dictada por el Comité de Competición y confirmada por Apelación y por el Comité Español de Disciplina Deportiva.

Julio de 2006. El navarro conoce en la concentración de pretemporada del Athletic de Bilbao en Holanda que su castigo tiene que hacerse efectivo.